第一增補本還涉及通則、指導原則等的新增、修訂。三部修訂人用重組DNA蛋白制品總論，修訂生物制品生產用原材料及輔料質量控制、生物制品生產檢定用菌毒種管理及質量控制等2個生物制品通則，此外，新增通則和指導原則5個，修訂通則和指導原則4個。四部新增氨基酸分析指導原則，修訂通則與指導原則8個，具體包括0105眼用制劑、2341農藥殘留量測定法、9001原料藥物與制劑穩定性試驗指導原則等。